MANUAL DE MICROBIOLOGÍA CLÍNICA DE LA …

1 1 MANUAL DE MICROBIOLOG A CL NICA DE LA ASOCIACI N ARGENTINA DE MICROBIOLOG A VOLUMEN I Bacterias de Importancia Cl nica Editores HORACIO A. LOPARDO Consultor Honorario del Servicio de Microbiolog a del Hospital de Pediatr a "Prof. Dr. Juan P. Garrahan" Profesor Consulto de Microbiolog a Cl nica. Facultad de Ciencias Excatas. Universidad Nacional de La Plata Miembro de la Comisi n Directiva de SADEBAC, Asociaci n Argentina de Microbiolog a SILVIA C. PREDARI Jefa del Departamento de Microbiolog a del Instituto de Investigaciones M dicas Alfredo Lanari. Universidad de Buenos Aires Directora de la Revista Argentina de Microbiolog a, publicaci n cient fica oficial de la Asociaci n Argentina de Microbiolog a Coordinadora del Comit de Emergencias Biol gicas de la Red de Hospitales e Institutos de la Universidad de Buenos Aires Miembro de la Subcomisi n de Bacterias Anaerobias, SADEBAC, Asociaci n Argentina de Microbiolog a CARLOS VAY Profesor Asociado de Microbiolog a Cl nica.

2 Facultad de Farmacia y Bioqu mica. Jefe Laboratorio de Bacteriolog a Departamento de Bioqu mica Cl nica. Hospital de Cl nicas Gral. Jos de San Mart n Director Carrera de Especializaci n en Bacteriolog a Cl nica. Facultad de Farmacia y Bioqu mica, Universidad de Buenos Aires. 2 INDICE GENERAL Parte I. Temas generales de Microbiolog a C nica Parte Ia. Taxonom a bacteriana Parte Ib. M todos generales de identificaci n bacteriana ParteII. Microorganismos aerobios y anaerobios facultativos Parte IIa. Cocos gram positivos Parte Cocos gram positivos , catalasa positivos Cap tulo Staphylococcus spp. Cap tulo Otros g neros Ap ndice I. Pruebas bioqu micas manuales: fundamento y m todo. Parte Cocos gram positivos , catalasa negativos Cap tulo Estreptococos -hemol ticos Cap tulo Streptococcus pneumoniae Cap tulo Estreptococos del grupo viridans Cap tulo Enterococcus, Vagococcus, Lactococcus Cap tulo Abiotrophia, Granulicatella, Gemella, Aerococcus y bacterias relacionadas Ap ndice II.

3 Pruebas bioqu micas manuales: fundamento y m todo. Parte IIb. Bacilos gram positivos Parte Esporulados Parte No esporulados Cap tulo Corynebacterium spp. y bacterias relacionadas Cap tulo Listeria Cap tulo Nocardia Cap tulo Bacilos gram positivos , catalasanegativos Cap tulo Micobacterias Ap ndice III. Pruebas bioqu micas manuales: fundamento y m todo. Parte IIc. Bacilos gram negativos Parte Enterobacterias Cap tulo Diagn stico y caracterizaci n de Escherichia colidiarreig nico Cap tulo Shigella spp. Cap tulo Klebsiella, Enterobacter, Pantoea, Cronobacter, Raoultella y Serratia. Cap tulo Salmonella, Edwardsiella y Citrobacter Cap tulo Proteus, Morganella y Providencia Cap tulo Yersinia y otras entrobacterias. Ap ndice IV. Pruebas bioqu micas manuales: fundamento y m todo. Cap tulo Bacilos gram negativos no fermentadores Cap tulo Pseudomonas Cap tulo Acinetobacter Cap tulo Burkholderia Cap tulo Flavobacterium, Chryseobacterium y Elizabethkingia 3 Cap tulo Stenotrophomonas Ap ndice V.

4 Pruebas bioqu micas manuales: fundamento y m todo. Cap tulo Bacilos gram negativos oxidasa positivos y fermentadores de lactosa Cap tulo Vibrio Cap tulo Aeromonas, Plesiomonas y Chromobacterium Cap tulo Pasteurella Ap ndice VI. Pruebas bioqu micas manuales: fundamento y m todo. Cap tulo Bacilos gram negativos exigentes Cap tulo Haemophilus Cap tulo Bacilos gram -negativos del grupo ACEK Cap tulo Bordetella Cap tulo Brucella Cap tulo Helicobacter, Campylobacter y Arcobacter Ap ndice VII. Pruebas bioqu micas manuales: fundamento y m todo. Parte IId. Cocos gram negativos Ap ndice VIII. Pruebas bioqu micas manuales: fundamento y m todo. Parte IIe. Bacterias at picas Cap tulo Bartonella y Afipia. Cap tulo Legionella Parte Parte Chlamydia Parte Micoplasmas Parte Rickettsias y otras bacterias relacionadas Ap ndice IX. M todos de identificaci n: fundamento y m todo. Parte III Microorganismos anaerobios Parte IIIa.

5 M todos de cultivo e identificaci n de microorganismos anaerobios Parte IIIb. Cocos gram positivos anaerobios Parte IIIc. Bacilos gram positivos anaerobios esporulados Parte IIId. Bacilos gram positivos anaerobios no esporulados Parte IIId. Bacilos gram negativos anaerobios Parte IIIe. Cocos gram negativos anaerobios Ap ndice X. Pruebas bioqu micas manuales: fundamento y m todo. 4 Parte ENTEROBACTERIAS Editor responsable HORACIO A. LOPARDO Consultor Honorario del Servicio de Microbiolog a del Hospital de Pediatr a "Prof. Dr. Juan P. Garrahan" Profesor Consulto de Microbiolog a Cl nica. Facultad de Ciencias Excatas. Universidad Nacional de La Plata Miembro de la Comisi n Directiva de SADEBAC, Asociaci n Argentina de Microbiolog a 5 ndice Cap tulo T tulo P g Indice general 2 Enterobacterias 4 ndice 5 Diagn stico y caracterizaci n de Escherichia coli diarreig nico 11 Introducci n 12 Escherichia coli enteropat geno (EPEC) 14 H bitat y epidemiolog a 15 Impacto cl nico 16 Factores de virulencia 17 Sensibilidad a los antibi ticos y tratamiento 20 Escherichia coli enterotoxig nico (ETEC) 21 H bitat y epidemiolog a 21 Impacto cl nico 23 Factores de virulencia 23 Sensibilidad a los antibi ticos y tratamiento 26 Escherichia coli enteroinvasivo (EIEC) 28 H bitat y epidemiolog a 28 Impacto cl nico 29 Factores de virulencia 30 Sensibilidad a los antibi ticos y tratamiento 33 Escherichia coli enteroagregativo (EAEC)

6 33 H bitat y epidemiolog a 34 Impacto cl nico 35 Factores de virulencia 35 Sensibilidad a los antibi ticos y tratamiento 39 Escherichia coliproductor de toxina Shiga (STEC) 40 H bitat y epidemiolog a 41 Impacto cl nico 45 Factores de virulencia 47 Sensibilidad a los antibi ticos y tratamiento 51 Aislamiento y caracterizaci n de Escherichia coli diarreig nico 53 6 Bibliograf a 55 Shigella spp. 73 Aspectos taxon micos 74 H bitat y aspectos epidemiol gicos 75 Aspectos patog nicos 76 Marcadores de virulencia 77 Impacto cl nico 79 Identificaci n a nivel de g nero y especie 80 Examen microsc pico 80 Procesamiento de muestras y caracter sticas culturales 81 Pruebas bioqu micas y serol gicas 82 M todos moleculares 90 Bibliograf a 93 Klebsiella, Enterobacter, Pantoea, Cronobacter, Serratia 100 Enterobacterias del grupo KES (Klebsiella, Enterobacter, Serratia) 101 Caracter sticas generales 105 Sensibilidad a los antibi ticos 107 G nero Klebsiella 111 Aspectos taxon micos 111 Epidemiolog a, transmisi n y significado cl nico 112 Aspectos patog nicos 116 Caracter sticas culturales 119 Identificaci n a nivel de g nero y especie 120 Identificaci n por m todos moleculares 123 Sensibilidad a los antibi ticos 124 G nero Enterobacter 128 Aspectos taxon micos 128 Epidemiolog a, transmisi n y significado cl nico 129 Aspectos patog nicos 130 Caracter sticas culturales 131 Identificaci n a nivel de g nero y especie 132 Identificaci n por m todos moleculares 136 Sensibilidad a los antibi ticos 137 G nero Pantoea 139 Aspectos taxon micos 139 Epidemiolog a.

7 Transmisi n y significado cl nico 139 Caracter sticas culturales 140 Identificaci n a nivel de g nero y especie 140 7 Identificaci n por m todos moleculares 141 Sensibilidad a los antibi ticos 142 G nero Cronobacter 143 Aspectos taxon micos 143 Epidemiolog a, transmisi n y significado cl nico 144 Aspectos patog nicos 144 Caracter sticas culturales 144 Identificaci n a nivel de g nero y especie 145 Identificaci n por m todos moleculares 148 Sensibilidad a los antibi ticos 148 G nero Serratia 149 Aspectos taxon micos 149 Epidemiolog a, transmisi n y significado cl nico 150 Aspectos patog nicos 152 Caracter sticas culturales 153 Identificaci n a nivel de g nero y especie 155 Identificaci n por m todos moleculares 158 Sensibilidad a los antibi ticos 158 Bibliograf a 160 Salmonella, Edwardsiella, Citrobacter 177 Salmonella 178 Aspectos taxon micos 178 H bitat 180 Significado cl nico 181 Aspectos patog nicos 184 Caracter sticas culturales 189 Identificaci n a nivel de g nero, especie, subespecie y serovariedades 192 Sensibilidad a los antibi ticos 212 Edwardsiella 218 Aspectos taxon micos 218 H bitat 218 Significado cl nico 218 Caracter sticas culturales 219 Identificaci n a nivel de g nero y especie 220 Sensibilidad a los antibi ticos 223 Citrobacter 224 Aspectos taxon micos 224 H bitat 224 Significado cl nico 224 Caracter sticas culturales 225 Identificaci n a nivel de g nero y especie 226 Sensibilidad a los antibi ticos 229 8 Bibliograf a 231 Proteus.

8 Morganella y Providencia 238 Introducci n 239 Aspectos taxon micos 240 G nero Proteus 242 Habitat 244 Aspectos patog nicos 244 Significado cl nico 253 Identificaci n a nivel de g nero y especie 254 Sensibilidad a los antibi ticos 262 G nero Morganella 267 Habitat 270 Aspectos patog nicos 270 Significado cl nico 271 Identificaci n a nivel de g nero y especie 272 Sensibilidad a los antibi ticos 274 G nero Providencia 275 Habitat 276 Aspectos patog nicos 277 Significado cl nico 277 Identificaci n a nivel de g nero y especie 278 Sensibilidad a los antibi ticos 281 Bibliograf a 283 G nero Yersinia y otras enterobacterias 293 G nero Yersinia 294 Aspectos taxon micos 294 Caracter sticas culturales 294 Importancia cl nica e identificaci n a nivel de especie 295 Factores de virulencia 296 Yersinia enterocolitica 297 H bitat, aspectos epidemiol gicos e importancia cl nica 297 Caracter sticas culturales 299 Aspectos patog nicos 300 Sensibilidad a los antibi ticos y tratamiento 302 Yersinia pestis 303 Aspectos taxon micos 303 Importancia cl nica y epidemiolog a 303 Diagn stico microbiol gico 307 Patogenia 307 Sensibilidad a los antibi ticos y tratamiento 308 9 Vacunas 309 Yersinia pseudotuberculosis 310 Importancia cl nica y epidemiolog a 310 Serotipificaci n y tipificaci n molecular 311 Sensibilidad a los antibi ticos 312 Bibliograf a 312 Budvicia 322 Aspectos taxon micos 322 Caracter sticas microbiol gicas 322 Habitat.

9 Importancia cl nica y sensibilidad a los antibi ticos 322 Buttiauxella 323 Aspectos taxon micos 323 H bitat e importancia cl nica 323 Caracter sticas microbiol gicas 324 Sensibilidad a los antibi ticos 324 Cedecea 325 Aspectos taxon micos 325 H bitat 326 Caracter sticas microbiol gicas 326 Importancia cl nica 327 Sensibilidad a los antibi ticos 329 Ewingella 330 Caracter sticas microbiol gicas 330 Aspectos t xon micos, h bitat e importancia cl nica 331 Sensibilidad a los antibi ticos 331 Hafnia 332 Aspectos taxon micos 332 Caracter sticas microbiol gicas 332 H bitat, epidemiolog a e importancia cl nica 335 Sensibilidad a los antibi ticos 337 Kluyvera 338 Aspectos taxon micos 338 H bitat 338 Caracter sticas microbiol gicas 338 Epidemiolog a e importancia cl nica 339 Sensibilidad a los antibi ticos 342 Leclercia 343 Aspectos taxon micos, h bitat e importancia cl nica 343 Caracter sticas microbiol gicas 344 Sensibilidad a los antibi ticos 344 Leminorella 345 Aspectos taxon micos, h bitat e importancia cl nica 345 Caracter sticas microbiol gicas 346 Sensibilidad a los antibi ticos 346 10 Photorhabdus 346 Aspectos taxon micos, h bitat e importancia cl nica 346 Caracter sticas microbiol gicas 348 Patogenia 349 Sensibilidad a los antibi ticos 350 Rahnella 350 Aspectos taxon micos y caracter sticas microbiol gicas 350 H bitat e importancia cl nica 351 Sensibilidad a los antibi ticos 352 Tatumella 353 Aspectos taxon micos 353 Caracter sticas microbiol gicas 353 H bitat e importancia cl nica 354 Sensibilidad a los antibi ticos 355 Yokenella (Koserella) 355 Aspectos taxon micos 355 H bitat e importancia cl nica 356 Caracter sticas microbiol gicas 356 Sensibilidad a los antibi ticos 357 Otras enterobacterias 359 Bibliograf a 359 Ap ndice IV.

10 Pruebas bioqu micas manuales: fundamento y m todo. 378 Agar hierro tres az cares (TSI) 378 Agar lisina hierro (LIA) 381 Prueba de la oxidasa 383 Agar SIM 385 Prueba de indol 387 Prueba de -galactosidasa (ONPG) 390 Pruebas de utilizaci n de az cares 392 Prueba de utilizaci n del citrato (citrato de Simmons) 395 Pruebas de descarboxilasas y de arginina dihidrolasa 398 Prueba del malonato 401 Prueba del rojo de metilo 404 Prueba de Voges Proskauer 406 Prueba de la fenilalanina desaminasa 408 Prueba de la ureasa 411 Prueba del mucato 413 Prueba de la DNasa 414 Prueba de la utilizaci n del acetato 415 11 Cap tulo Diagn stico y caracterizaci n de Escherichia coli diarreig nico MARTA RIVAS, ELIZABETH MILIWEBSKY, BEATRIZ DASTEK Servicio Fisiopatogenia, Instituto Nacional de Enfermedades Infecciosas, ANLIS Dr. Carlos G. Malbr n , Buenos Aires 12 Introducci n A nivel mundial, la enfermedad diarreica constituye un problema grave para la salud p blica de infantes y ni os, con altas tasas de morbilidad y mortalidad, especialmente en pa ses en v as de desarrollo.