Statistica con R - Il Sito della Medicina di Laboratorio

1 M. Vidali - M. Besozzi Statistica CON R. PER IL Laboratorio . DI ANALISI CLINICHE. Statistica con R per il Laboratorio di analisi cliniche - ver Pagina 1 di 95. Copyright 2013 Marco Besozzi garantito il permesso di copiare, distribuire e/o modificare questo documento seguendo i termini della Licenza per Documentazione Libera GNU, Versione o ogni altra versione successiva pubblicata dalla Free Software Foundation. Copia della Licenza consultabile all'indirizzo: Permission is granted to copy, distribute and/or modify this document under the terms of the GNU Free Documentation License, Version or any later version published by the Free Software Foundation.

2 A copy of the license is available at: Statistica con R per il Laboratorio di analisi cliniche - ver Pagina 2 di 95. Introduzione Perch usare R, se esistono gi MedCalc, Minitab, SAS, SPSS, Stata, Systat e decine di altri programmi di Statistica , oltre ad add-on per fare Statistica con Excel (come ad esempio Analyse-it) e per fare Statistica con Access (come ad esempio Total Access Statistics)? Per almeno quattro buone ragioni: R gratuito, e questo fatto significativo, visto il costo di un pacchetto di Statistica ;. R disponibile per tutti e tre i sistemi operativi pi diffusi, cio per Windows, per MacOS X e per Linux.

3 Una volta installata la versione base di R potete accedere a una raccolta di migliaia di pacchetti aggiuntivi, che offrono soluzioni di calcolo ed elaborazioni statistiche e grafiche per (praticamente) qualsiasi problema;. se non trovate quello che vi serve tra i pacchetti gi disponibili (cosa poco probabile), R vi permette comunque di riutilizzare e adattare migliaia di funzioni gi scritte e di scriverne di nuove per personalizzare un pacchetto gi esistente ovvero per creare ex-novo il vostro pacchetto di analisi dei dati, orientato al vostro specifico problema. R non , come asseriscono gli stessi curatori del progetto, un semplice programma di Statistica , ma un ambiente per lo sviluppo dell'analisi Statistica e grafica dei dati, per il quale il merito va alla bravura e all'impegno dell'R Development Core Team1.

4 Software e documentazione di R sono open-source e sono rilasciati gratuitamente nei termini previsti dalla Free Software Foundation2. Il problema cruciale di R che basato su un linguaggio di programmazione, quindi molto tecnico, e per questo difficile superare le difficolt iniziali, al punto che molti rinunciano ad utilizzarlo: e il senso di frustrazione che ne consegue tale da allontanare in genere definitivamente il soggetto da successivi tentativi. Lo scopo di questo manuale, che riprende i contenuti del corso base di R che si trova sul mio sito3, proprio quello di aiutare a superare queste difficolt iniziali, per favorire l'accesso al mondo di R.

5 Coloro che, operando nel Laboratorio di analisi cliniche, hanno la necessit di affrontare qualche problema di analisi dei propri dati, troveranno in R uno strumento straordinario, ma soprattutto scopriranno con il tempo di avere fatto un investimento strategico per il proprio sviluppo professionale. 1. R Core Team (2017). R: A language and environment for statistical computing. R Foundation for Statistical Computing, Vienna, Austria. URL 2. vedere alla voce Licenze. 3. Statistica con R per il Laboratorio di analisi cliniche - ver Pagina 3 di 95. 1. Istruzioni rapide per l'uso Per imparare ad usare R, oltre ovviamente a un interesse per la Statistica , servono: il programma i dati gli script la documentazione.

6 Il programma Come installare e utilizzare il programma R descritto nel capitolo 2. R installazione e funzioni base. I dati I dati relativi a specifici problemi del Laboratorio clinico sono contenuti in file che potete scaricare aprendo i link che verranno forniti illustrando ciascun problema e la sua soluzione in R. Potete anche scaricare tutti i dati di esempio in una sola volta in questo modo: create la cartella C:\R\;. salvate in questa cartella il file ;. scompattate il file nella cartella C:\R. Tutti gli script che trovate nei capitoli che seguono fanno riferimento ai nomi dei file che avrete scompattato alla posizione C:\R.

7 Potete ovviamente cambiare la posizione nella quale salvare i dati correggendo opportunamente gli script. Considerate infine che in R il separatore decimale il punto (.) e che questa convenzione per ragioni di omogeneit viene qui adottata oltre che nei file di dati anche in tutto il testo che segue. Gli script Gli script, cio le sequenze di codice R che risolvono gli specifici problemi impiegando i dati forniti, li trovate nei capitoli 3. R funzioni statistiche, 4. R funzioni grafiche e 5. R problemi scelti. Questi capitoli rappresentano il nucleo del manuale in quanto le sequenze di codice possono essere eseguite immediatamente copiandole dal testo nella Console di R.

8 Possono anche essere salvate sotto forma di file di testo per realizzare una vera e propria libreria di script da utilizzare e adattare al bisogno in un secondo tempo. La documentazione La documentazione necessaria per utilizzare rapidamente R contenuta in questo manuale. Ma si tratta ovviamente di una documentazione limitata e finalizzata all'apprendimento delle basi elementari di R per chi opera in un Laboratorio di analisi cliniche. Sul sito ufficiale di R4 trovate la sezione Documentation: 4. Statistica con R per il Laboratorio di analisi cliniche - ver Pagina 4 di 95. qui potete fare click su Manuals e scaricare, in formato pdf, tutti i manuali relativi alla versione di R che avete installato, ovvero da qui potete accedere alla sezione Contributed documentation nella quale trovate anche manuali in lingua italiana.

9 Anche se in questo corso base non si fa diretto ricorso alla documentazione disponibile sul sito di R, questa risulter ovviamente essenziale per affrontare le domande che inevitabilmente vi sorgeranno durante l'uso del programma, in particolare quando vorrete adattare gli script alle vostre esigenze. In aggiunta vi possono aiutare nel processo di apprendimento di R: il sito Quick-R for SAS/SPSS/Stata Users di Robert I. Kabacoff;. il sito R Graphical Manual di Osamu Ogasawara;. il sito R-Tutorial di Chi Yau;. il sito R-Forge, la piattaforma di sviluppo riservata alla comunit R;. il blog Revolutions, interamente dedicato alle notizie e informazioni per I membri della comunit R.

10 della sterminata bibliografia di R cito solo alcuni manuali riguardanti argomenti generali, per i quali un ringraziamento va agli Autori che li hanno pubblicati consentendone il libero utilizzo a scopo didattico: Introduzione ad R di Roberto Boggiani;. Esercitazioni di Statistica biomedica di Matteo Dell'Omodarme;. Formulario di Statistica con R di Fabio Frascati;. Applied Statistics for Bioinformatics using R di Wim P. Krijnen;. Using R for Data Analysis and Graphics - Introduction, Examples and Commentary di J. H. Maindonald;. Una guida all'utilizzo dell'ambiente statistico R di Angelo M. Mineo;. R: un ambiente opensource per l'analisi Statistica dei dati di Vito Ricci.