ANTIFONGIGRAMME - essante.ch

1 Gloor Ariane ICHV , laboratoire de bact riologie, Sion Travail de dipl me 2008-2009 ANTIFONGIGRAMME : Evaluation de la carte AST-YSO1 sur l automateVitek2 Responsable de Stage : Mme Lysiane Tissi res LoveyComparaison de m thode de deux antifongigrammes : ATB FUNGUS3 et Carte Vitek AST-YS01 Gloor Ariane 2/62 ICHV , laboratoire de bact riologie, Sion Travail de dipl me 2008-2009 Table des mati res 1. Sommaire / Summary ..4 2. G n ralit s ..5 Bref historique ..5 Caract ristiques g n rales ..6 Les Candida Candida Candida Candida Candida Candida Candida Candida Les Cryptococcus pid miologie ..15 Pr l vement.

2 18 Examen direct ..18 Identification ..18 ANTIFONGIGRAMME ..18 3. Travail pratique ..22 Introduction ..22 Situation du travail dans son environnement ..22 Mat riel et m Mat Pr sentation des techniques ..24 ATB FUNGUS3 ..24 Carte Vitek AST-YS01 ..27 Comparaison de m thode de deux antifongigrammes : ATB FUNGUS3 et Carte Vitek AST-YS01 Gloor Ariane 3/62 ICHV , laboratoire de bact riologie, Sion Travail de dipl me 2008-2009 Analyse des r Premiers essais et actions correctives ..30 Explications des tableaux de r Tableaux des r sultats ..31 Interpr tation ..41 Pourcentages de concordance et discordance entre l ATB FUNGUS3 et la Carte Vitek AST-YS01.

3 41 Pourcentages de concordance et discordance entre nos r sultats et ceux obtenus dans l tude pr c dente ..44 Reproductibilit ..44 Discussion ..45 Avantages et inconv nients de l ATB FUNGUS3 ..45 Avantages et inconv nients de la carte Vitek AST-YS01 ..46 Conclusion et synth Perspectives ..47 4. Remerciements ..48 5. Glossaire ..48 6. Livre ..51 Brochure ..51 Supports de cours, documents non publi s ..51 7. Proc dure pour l ATB FUNGUS3 ..53 Feuille de r sultat pour l ATB FUNGUS3 ..54 R sultats de l tude pr c dente ..55 Comparaison de m thode de deux antifongigrammes : ATB FUNGUS3 et Carte Vitek AST-YS01 Gloor Ariane 4/62 ICHV , laboratoire de bact riologie, Sion Travail de dipl me 2008-2009 1.

4 Sommaire Ces vingt derni res ann es, le nombre croissant de patients immunod ficients a g n r une forte augmentation d infections fongiques. Ces infections sont diagnostiqu es de plus en plus pr cocement et trait es l aide de nouveaux antifongiques moins toxiques et mieux tol r s. La sensibilit des levures aux antifongiques doit tre d termin e rapidement au moyen d une m thode fiable. L objectif de cette tude est d valuer la carte AST-YS01 sur l automate Vitek2 et de comparer les r sultats obtenus avec l ATB FUNGUS3 qui est la m thode utilis e actuellement. Nous avons test 50 souches de Candida ainsi que 2 souches de r f rence ATCC.

5 Ces souches avaient t test es dans une tude similaire. 46/50 souches ont donn des r sultats identiques avec les deux m thodes. 4 souches ont donn des discordances mineures (2 avec le fluconazole, et 2 avec la flucytosine). Aucune discordance majeure n a t observ e. La carte AST-YS01 ne contient que 4 antifongiques et l itraconazole n est pas pr sent. Les CMI obtenues ont une meilleure pr cision ainsi qu une bonne reproductibilit et sont interpr t es par un automate. Le co t est l g rement plus lev que celui de la galerie ATB FUNGUS3 . La simplicit et la rapidit de pr paration de l analyse font que cette m thode est la plus adapt e au travail de routine d un grand laboratoire de bact riologie.

6 Cependant, l ATB FUNGUS3 reste une bonne alternative pour un laboratoire non automatis . 1. Summary These last twenty years, the growing number of immunodeficients patients generated a significant increase of fungal infections. These infections are diagnosed earlier and treated with new antifungal less toxic and better tolerated. The yeast sensibility for the antifungal must be fast determined by a sure method. The objectives of this study is to assess the AST-YS01 card on the automat Vitek2 and to compare results acquired with the ATB FUNGUS3 which is the method used nowadays. We tested 50 strains of yeast as well as 2 reference ATCC strains. These strains had already been tested in a previous study.

7 46/50 strains gave identical results with both methods. 4 strains gave minor discrepancies (2 with the fluconazol, and 2 with the flucytosine). No major discrepancy was observed. The AST-YS01 card contains only 4 antifungals and the itraconazol is not present. Acquired MIC has a better precision as well as a good reproducibility and is interpreted by an automat. The cost is a slightly higher then the other method. Simplicity and fastness of the preparation make this method more suitable for our laboratory. However, the ATB FUNGUS3 is a good choise for a not automated laboratory.

8 Comparaison de m thode de deux antifongigrammes : ATB FUNGUS3 et Carte Vitek AST-YS01 Gloor Ariane 5/62 ICHV , laboratoire de bact riologie, Sion Travail de dipl me 2008-2009 2. G n ralit s Ces vingt derni res ann es, la mycologie m dicale s est fortement transform e avec une explosion d infections fongiques. Chaque ann e, la liste des nouveaux champignons isol s s allonge. C est la cons quence du nombre croissant de patients immunod ficients. Ces changements ont entra n des progr s majeurs dans la connaissance pid miologique et physiopathologique des infections ainsi que de nouvelles possibilit s diagnostiques et th rapeutiques.

9 De plus, il existe de nouveaux antifongiques comme le voriconazole, la caspofongine ou le posaconazole. Bref historique Si aujourd hui les champignons constituent un r gne bien individualis , il n en a pas toujours t ainsi. On les a longtemps assimil s au r gne v g tal de part leur morphologie (thalle, spores, etc.), de part leur absence de mobilit et leur nutrition (absorption). Au 18 me si cle, le monde vivant tait partag en 2 r gnes : le v g tal et l animal. Le r gne v g tal regroupait les plantes et les algues, qui sont des esp ces photosynth tiques, les bact ries et les champignons. Le r gne animal, quant lui, tait compos la fois d tres unicellulaires, c est- -dire les Protozoaires et des M tazoaires.

10 Selon D. Chabasse, Cl. Guiguen. N. Contet-Audonneau (1999) : En 1866, le naturaliste et philosophe allemand Haeckel proposa d y ajouter un troisi me r gne, celui des Protistes, ce que Copeland transformera plus tard en Protoctistes pour y regrouper la plupart des unicellulaires c est- -dire des bact ries, les Protozoaires, les Myxomyc tes et autres protistes fongo des en raison de leur similitude avec les Rhizopodes. Les champignons et les algues sont quant eux rest s encore longtemps associ s au r gne v g tal. ( ) C est en 1969 que l am ricain Wittaker propose un syst me taxinomique 5 r gles soit les monom res (bact ries), les protistes, les v g taux, les champignons et les animaux.