Les principaux indicateurs en épidémiologie

1 16/01/2006 Claude Saegerman1 Chapitre 2 Les principaux indicateurs en pid miologie16/01/2006 Claude Saegerman2 Les principaux indicateurs pid miologiques16/01/2006 Claude Saegerman3 Plan1) indicateurs pid miologiques ?2) Construction d un indicateur ?3) Quantifier est-il n cessaire ?4) Rapports en pid miologie ?5) indicateurs de fr quence ?6) Comment standardiser des taux ?7) Exercices dirig s16/01/2006 Claude pid miologiques ? = descripteurs, quantitatifs ou qualitatifs, refl tant des aspects sp cifiques et partiels d un syst me (maladie) Finalit : choisir des indicateurs pertinents Objectifs: Conna tre la fr quence des maladies (d crire) Identifier des indicateurs de risque (analyser) Suivre l volution d un plan de lutte ( valuer)16/01/2006 Claude Saegerman5 Classifications indicateurs bruts(population) indicateurs sp cifiques(sous-population) indicateurs d un tat(pr valence) indicateur d un changement d tat(incidence)16/01/2006 Claude Saegerman6 indicateurou marqueur de risque: caract ristique non modifiable d un individu ou d un groupe d individus associ e statistiquement la maladie (ex.

2 : pr sence de la prot ine PrPreschez le bovin atteint d ESB) indicateur de sant : variable refl tant l un des aspects de l tat de sant d une population (ex. : montant des frais VT par vache pr sente et par an)16/01/2006 Claude Saegerman7!3 param tres importants pour transformer des en informations !!!a) D finir pr cis ment la maladie = num rateur (n)b) D finir pr cis ment la population tudi e = d nominateur (N)c) Choisir une unit pid miologique pertinente 2. Construction d un indicateur ?16/01/2006 Claude Saegerman8a) D finir la maladie (num rateur) Clinique (signes cliniques) Signes d appel vidents (diarrh e, toux) Tableau clinique (quantification indispensable : t , liste, score) Infra-clinique (recours aux examens de labo.) Laboratoires accr dit s Techniques r f renc es Crit res de positivit tablis16/01/2006 Claude Saegerman9b) D finir la population (d nominateur) La nature(quelques exemples) Tenir compte de la r ceptivit (paratuberculose) Tenir compte de l expositionau risque (ESB) Tenir compte de la m tabolisation(dioxines chez les porcs) L espace(quelques exemples) Tenir compte de la race(myopathie dyspn e) Tenir compte du microbismeambiant (r actions s rologiques faussement positives,zones bab siose bovine) Tenir compte de la temp rature(Theil riosebovine) Le temps(quelques exemples) Troubles de la sant d volution lente (ESB, scrapie) Troubles de la sant d volution ultra-rapide (fulguration)16/01/2006 Claude Saegerman10c)

3 Choisir une unit pid miologiquepertinente Animaux Troupeaux Provinces R gions Pays Continent Animal temps risqueTendanceactuelle16/01/2006 Claude Saegerman11 Animal temps risque = tenir compte de la dur e d exposition des animaux au risque un cas n est plus expos au risque Exemple : 1 troupeau bovin 60 bovins taient pr sents toute l ann e 20 autres de [janvier mai] 5 autres en d cembre Combien y avait-il d animaux-ann e ?16/01/2006 Claude Saegerman12 = (60 x 12) + (20 x 5) + (5 x 1) = 825 bovins - mois = 69 animaux - ann e16/01/2006 Claude Saegerman133. Quantifier est-il n cessaire ? Quantification en termes absolus: nombre de cas, de foyers, de r agissants,.. exemple : 10 foyers n autorise pas la comparaison Quantification en termes relatifs (= indicateur) : rapport = num rateur= nombre d v nements= nd nominateur population tudi N exemple : 10 foyers/50 troupeaux ou 10 troupeaux )Les fr quences en termes relatifs sont plus indiqu es en pid mio.

4 Car elles autorisent des comparaisons16/01/2006 Claude Saegerman144. Les rapports en pid miologie Proportion ? Pourcentage ? Ratio ? Taux ?16/01/2006 Claude Saegerman15 Proportion ? exemple : une IDC des bovins du troupeau de Monsieur Dupont est r alis e par un v t rinaire d exploitation. Sur 100 bovins tuberculin s, 20 sont positifs. Quelle est la proportion de bovins positifs ? 0,20 = rapport entre 2 grandeurs, dont le num rateur est inclus dans le d nominateur = a/(a+b) valeur comprise entre 0 et 116/01/2006 Claude Saegerman16 Pourcentage ? exemple : une IDC des bovins du troupeau de Monsieur Dupont est r alis e par un v t rinaire d exploitation. Sur 100 bovins tuberculin s, 20 sont positifs. Quel est le pourcentage de r agissants ? 20 % = proportion exprim e en % = proportion multipli e par cent valeur comprise entre 0 % et 100 %16/01/2006 Claude Saegerman17 Ratio ? exemple : une IDC des bovins du troupeau de Monsieur Dupont est r alis e par un v t rinaire d exploitation.

5 Sur 100 bovins tuberculin s, 20 sont positifs. Quelle est le ratio entre les bovins positifs et les bovins n gatifs ? 20/80 = 0,25 = rapport entre les valeurs de 2 variables = a/b valeurs comprises entre 0 et autorise la comparaison de populations de nature diff rente (poussins/m2et nombre d (Unit Gros B tail/ Hectare))16/01/2006 Claude Saegerman18 Taux ? suite de l exemple pr c dent : une IDC est r alis e 6 semaines plus tard et sur 100 bovins test s, 30 r agissent cette fois (dont les 20 premiers) taux d infection ? Remarquons que le taux d infection taux de r agissants l IDC. supposons un test parfait (Se et Sp = 100%), dans ce cas le taux d infection = 10 bovins/6 semaines ou 10 bovins/80 bovins susceptibles 16/01/2006 Claude Saegerman19 soit 1,66 bovin/sem. ou 0,125/bovin susceptible = nombre d v nements observ s par unit de temps, rapport s la population soumise au risque = mesure de changement de la valeur d une variable par unit de changement d une autre variable dont d pend la premi re (sens anglo-saxon)16/01/2006 Claude Saegerman20 Les taux sp cifiques en pid miologie ?

6 D clinaison tr s vaste (liste non exhaustive) Taux d infection Taux de morbidit Taux de mortalit Taux de l talit Taux d attaque Taux d atteinte Taux reproductif de base (R0)16/01/2006 Claude Saegerman21 Taux d infection = nombre de sujets infect spopulation soumise au risque le num rateur : il s agit d animaux infect s et non r agissants le d nominateur : il s agit de la population soumise au risque )donc pas toujours toute la population16/01/2006 Claude Saegerman22 Taux de morbidit = nbre de malades pdt temps ou t0nombre de sujets de la population exemple : un levage de poules pondeuses; 100 poules ont t malades en une semaine sur un effectif de d part de 5000 poules. Quel est le taux de morbidit ? = 100/5000 = 0,02 ou 2% de poule par semaine16/01/2006 Claude Saegerman23 Taux de mortalit = nbre de morts pdt tempsnombre de sujets de la population exemple : entre 15/8/2002 et le 31/8/2002, sur 100 bovins, 10 sont morts de botulisme.

7 Quel est le taux de mortalit ? 0,10 ou 10%16/01/2006 Claude Saegerman24 Taux de l talit =nbre morts pdt tempsnbre de malades de la population exemple : sur 30 veaux malades, 15 sont morts. Quel est le taux de l talit : 0,5 ou 50%16/01/2006 Claude Saegerman25 Taux d attaque = taux d incidence du d but d un v nement exemple de taux d attaque primaire : nombre de foyers primaires d clar s les premiers jours d une pizootie de exemple de taux d attaque secondaire : nombre de foyers 2airesd clar s pendant la p riode d incubation de la maladie le taux d attaque secondaire traduit le degr de transmission de la maladie partir des foyers 1aires16/01/2006 Claude Saegerman26 Taux d atteinte = nbre cas (foyers) identifi s pdt tempsnbre sujets (cheptels) expos s t0 = probabilit pour un sujet ou un cheptel d tre atteint pendant le d roulement du ph nom ne morbide)Certains auteurs ne font pas de distinction entre taux d attaque et taux d atteinte16/01/2006 Claude Saegerman27 Taux reproductif de base (R0) = nombre de nouveaux cas infectieux qu un individu peut produire quand il est introduit dans une esp ce susceptible la magnitude de ce taux d termine la p rennit de la maladie : R0< 1 : la maladie dispara tra R0= 1 : la maladie atteindra un tat d quilibre avec, terme, une proportion constante de la population infect e R0> 1 : la maladie aura un caract re pizootique16/01/2006 Claude Saegerman285.

8 indicateurs de fr quence Pr valence Incidence Formes pid miologiques des maladies!16/01/2006 Claude Saegerman29Pr valence = indicateur pid miologique d un tat = nombre total de cas ou de foyers d une maladie, dans une population d termin e, un instant donn ou au cours d une p riode donn e 16/01/2006 Claude Saegerman30Pr valence instantan e = nombre de cas ou de foyers un moment donn (photographie, notion statique) = indicateur pid miologique d tat pr valence est exprim e en nombre absolu indicateur de pr valence est exprim en nombre relatif (pourcentage, taux)Remarque: pr f rer cette notion la suivante16/01/2006 Claude Saegerman31Pr valence pendant un p riode donn e = somme entre la pr valence instantan e au moment t0et l incidence pendant la p riode consid r e = indicateur mixte d tat et de changement d tat elle est d clin e : annuelle, semestrielle, trimestrielle, mensuelle, hebdomadaire, ..16/01/2006 Claude Saegerman32Pr valence apparente ( ) = valeur de la pr valence dont le calcul r sulte de l utilisation des moyens d identification de la maladie = des r sultats positifs= + = (Se x ) + (1-Sp) ( )16/01/2006 Claude Saegerman33Pr valence r elle ( ) = vrais positifs + faux n gatifs = + (Sp-1)Se + Sp 1 d pend des moyens d identification est la pr valence d infection (pas toujours facile tablir)16/01/2006 Claude Saegerman34 Exemple Calculez la pr valence r elle d une infection sachant qu un test de Se = 0,85 et de Sp = 0,90 a r v l une pr valence apparente de 25%.

9 PR = [PA+Sp-1]/[Se+Sp-1] = [0,25+0,90-1]/[0,85+0,90-1]= 0,20 ou 20 %16/01/2006 Claude Saegerman35 Comment voluent et ? et ont en commun les et diff rent par les erreurs ( et ) Si Se Sp et P = 50 % Si Se Sp et P 0 >>> >> Saegerman36 Incidence = nombre de cas ou de nouveauxfoyers d unemaladie, dans une population d termin e, au cours d une p riode donn e (notion dynamique!!!) = indicateur pid miologique de changement d tat (li un risque) incidence est exprim e en nombre absolu indicateur d incidence est exprim en nombre relatif (pourcentage, taux) se r f rer l effectif de la population consid r e pendant t16/01/2006 Claude Saegerman37 Incidence cumul e (IC) = sommation de l incidence de p riodes successives IC permet de quantifier la probabilit qu une animal, en d but de p riode, d tre atteint par la maladie en cours de p riodenombre d'individus devenant malade durant une p riode particuli = _____nombre d'individus sains dans la populationau d but de cette p riode16/01/2006 Claude Saegerman3805101520253035401234567891011 12 Tem psIncidenceIncidenceIncidence cumul e16/01/2006 Claude Saegerman39 Incidence instantan enombre de cas de maladiesurvenant dans une populationdurant une p riode particuli = _____somme pour tous les individusde la longueur du temps risquepour d velopper la maladie)

10 ExprimExprim e en animal temps e en animal temps risquerisque))Ce taux est frCe taux est fr quemment utilisquemment utilis dans les moddans les mod les mathles math matiques matiques 16/01/2006 Claude Saegerman40 Mod liser pour comprendrePrInEDCBA765432116/01/2006 Claude Saegerman41 Relation entre incidence etpr valence ?Temps1erjanvier31 d cembre Incidence annuelle (20 foyers)Assainissement (15 foyers)Pr valence instantan ePr valence instantan e20 foyers25 foyersPr valence annuelle40 foyers16/01/2006 Claude Saegerman42 Formes pid miologiques des maladies ? Pand mie ou panzootie Epid mie ou pizootie End mie ou enzootie Cas sporadiques Anad mie ou anazootie16/01/2006 Claude Saegerman43 Pand mie (= panzootie) ? = maladie qui se propagesur de grandes distances, travers plusieurs continents et qui affecte une importante partie de la population humaine (pand mie) ou animale (panzootie) exemple de pand mie : grippe humaine, SIDA exemple de panzootie : maladie de Newcastle,parvovirose canine16/01/2006 Claude Saegerman44 Epid mie (= pizootie) ?