Analyse de données avec le logiciel R - cerim.univ-lille2.fr

1 Analyse de donn es avec le logiciel R. Micha l Genin, Guillemette Marot Universit de Lille 2. EA 2694 - Sant Publique : Epid miologie et Qualit des soins Programme de la formation M. Genin, G. Marot (Universit de Lille 2) Formation logiciel R Version - 23 octobre 2017 1 / 48. Programme de la formation Programme - Module 1. Journ e 1 Journ e 2. Introduction g n rale Estimation et Tests statistiques Pr sentation du logiciel R usuels Installation du logiciel R et packages Intervalles de confiance Test de normalit . Tests de comparaison de Les bases d'utilisation du moyennes ou de proportions logiciel R Test du chi2. Importation et exportation de Initiation la production de donn es rapports avec RMarkdown Manipulation de donn es Lancement du projet phase 1.

2 Statistique descriptive et estimation Repr sentations graphiques Indicateurs statistiques M. Genin, G. Marot (Universit de Lille 2) Formation logiciel R Version - 23 octobre 2017 2 / 48. Programme de la formation Programme - Module 2. Journ e 3 Journ e 4. Correction du Initiation aux analyses multivari es mini-projet donn la Classification ascendante hi rarchique fin du module 1 K-means R gression logistique Lien entre plusieurs Tests multiples variables Corr lation et Introduction au package ggplot2. r gression lin aire (visualisation de donn es). multiple ANOVA. R gression lin aire multiple M. Genin, G. Marot (Universit de Lille 2) Formation logiciel R Version - 23 octobre 2017 3 / 48. Programme de la formation Programme - Module 3.

3 Journ e 5. Correction du mini-projet donn apr s le module 2. Synth se M. Genin, G. Marot (Universit de Lille 2) Formation logiciel R Version - 23 octobre 2017 4 / 48. Introduction g n rale Point tudi . 1 Introduction g n rale Diff rentes fa ons de travailler Pr sentation du logiciel R. Installation du logiciel R. 2 Utilisation du logiciel R. 3 Analyse de donn es avec le logiciel R - Partie 1. 4 Initiation la production de rapports avec RMarkdown 5 Projet - Phase 1. 6 Analyse de donn es avec le logiciel R - Partie 2. M. Genin, G. Marot (Universit de Lille 2) Formation logiciel R Version - 23 octobre 2017 4 / 48. Introduction g n rale Diff rentes fa ons de travailler Point tudi . 1 Introduction g n rale Diff rentes fa ons de travailler Pr sentation du logiciel R.

4 Installation du logiciel R. 2 Utilisation du logiciel R. 3 Analyse de donn es avec le logiciel R - Partie 1. 4 Initiation la production de rapports avec RMarkdown 5 Projet - Phase 1. 6 Analyse de donn es avec le logiciel R - Partie 2. M. Genin, G. Marot (Universit de Lille 2) Formation logiciel R Version - 23 octobre 2017 4 / 48. Introduction g n rale Diff rentes fa ons de travailler Exemple d' Analyse de donn es avec Excel source X1 Ouverture du jeu de donn es (.xls) : feuille ou tableur Excel X2. Tableaux crois s dynamiques Moyenne, m diane, cart type,.. =moy(A1:Aj) Copier / Coller dans un Rapport final (Word). rapport M. Genin, G. Marot (Universit de Lille 2) Formation logiciel R Version - 23 octobre 2017 5 / 48.

5 Introduction g n rale Diff rentes fa ons de travailler Exemple d' Analyse de donn es avec SPSS. Import du jeu de donn es la main source Clic bouton : Analyse 1 = sortie 1. SPSS (graphique/nombre/tableau). commandes commandes Analyse 2 = sortie 2. Analyse 3 = sortie 3.. source Sorties non utilisables telles quelles pour le rapport Copier / Coller dans un Rapport final rapport (Word). M. Genin, G. Marot (Universit de Lille 2) Formation logiciel R Version - 23 octobre 2017 6 / 48. Introduction g n rale Diff rentes fa ons de travailler Exemple d' Analyse de donn es : l'esprit R. source Ouverture du logiciel R dition d'un script : Importation des donn es console "Nettoyage", d finition de nouvelles variables, typage, etc.

6 = data script management Analyses (descriptive uni/bivari e, mod lisation,..). Edition de graphiques Exportation d'un rapport Rapport rapport M. Genin, G. Marot (Universit de Lille 2) Formation logiciel R Version - 23 octobre 2017 7 / 48. Introduction g n rale Pr sentation du logiciel R. Point tudi . 1 Introduction g n rale Diff rentes fa ons de travailler Pr sentation du logiciel R. Installation du logiciel R. 2 Utilisation du logiciel R. 3 Analyse de donn es avec le logiciel R - Partie 1. 4 Initiation la production de rapports avec RMarkdown 5 Projet - Phase 1. 6 Analyse de donn es avec le logiciel R - Partie 2. M. Genin, G. Marot (Universit de Lille 2) Formation logiciel R Version - 23 octobre 2017 7 / 48. Introduction g n rale Pr sentation du logiciel R.

7 Le logiciel R. Cr par Ross Ihaka & Robert Gentleman en 1997. logiciel gratuit et open source pour l' Analyse statistique (calculs et graphiques). Version pour UNIX (Linux), Windows et Macintosh Facile installer, l ger en ressources Complet, nombreuses extensions (librairies). Communaut importante et active sur les forums. Tr s utilis dans le monde universitaire Les avantages d'un langage de programmation Libert de cr ation (fonctions, graphiques). Puissance algorithmique M. Genin, G. Marot (Universit de Lille 2) Formation logiciel R Version - 23 octobre 2017 8 / 48. Introduction g n rale Installation du logiciel R. Point tudi . 1 Introduction g n rale Diff rentes fa ons de travailler Pr sentation du logiciel R. Installation du logiciel R.

8 2 Utilisation du logiciel R. 3 Analyse de donn es avec le logiciel R - Partie 1. 4 Initiation la production de rapports avec RMarkdown 5 Projet - Phase 1. 6 Analyse de donn es avec le logiciel R - Partie 2. M. Genin, G. Marot (Universit de Lille 2) Formation logiciel R Version - 23 octobre 2017 8 / 48. Introduction g n rale Installation du logiciel R. logiciel R. Site web de r f rence : 1) 2) Choix d'un miroir : le plus proche (g ographie : France). 3) T l chargement Windows : base MacOS : .pkg Linux : suivre les instructions en fonction de la distribution Remarque R peut tre install sur une cl usb absence de droits admin M. Genin, G. Marot (Universit de Lille 2) Formation logiciel R Version - 23 octobre 2017 9 / 48.

9 Introduction g n rale Installation du logiciel R. Installation et utilisation de package Installer un package : Via la commande : ("maptools"). Via le menu Utiliser un package : chargement dans l'environnement Chargement via le menu d roulant Chargement via la commande : library("maptools"). M. Genin, G. Marot (Universit de Lille 2) Formation logiciel R Version - 23 octobre 2017 10 / 48. Utilisation du logiciel R. Point tudi . 1 Introduction g n rale 2 Utilisation du logiciel R. Interface logiciel R Studio Notion d'objet Fonctions Aide au sein du logiciel R. Vecteurs Matrices Dataframe Manipulations avanc es sur les dataframes Gestion des donn es manquantes 3 Analyse de donn es avec le logiciel R - Partie 1. 4 Initiation la production de rapports avec RMarkdown 5 Projet - Phase 1.

10 6 Analyse de donn es avec le logiciel R - Partie 2. M. Genin, G. Marot (Universit de Lille 2) Formation logiciel R Version - 23 octobre 2017 10 / 48. Utilisation du logiciel R Interface Point tudi . 1 Introduction g n rale 2 Utilisation du logiciel R. Interface logiciel R Studio Notion d'objet Fonctions Aide au sein du logiciel R. Vecteurs Matrices Dataframe Manipulations avanc es sur les dataframes Gestion des donn es manquantes 3 Analyse de donn es avec le logiciel R - Partie 1. 4 Initiation la production de rapports avec RMarkdown 5 Projet - Phase 1. 6 Analyse de donn es avec le logiciel R - Partie 2. M. Genin, G. Marot (Universit de Lille 2) Formation logiciel R Version - 23 octobre 2017 10 / 48. Utilisation du logiciel R Interface L'interface de R.