Bactéries pathogènes et environnement

1 Bact ries pathog nes et environnement H l ne Jean-Pierre Laboratoire de Bact riologie CHU Montpellier Les bact ries Micro-organismes (organisme vivant microscopique) 1677. Unicellulaires Taille moyenne 1 m Procaryotes (pas de noyau). Les plus r pandus et dont la pr sence est la plus ancienne sur Terre Vivent en communaut . colonie bact rienne S' changent des g nes Classification des bact ries Coloration de Gram GRAM NEGATIF GRAM POSITIF. Forme cocci bacilles (ex. Streptococcus) (ex : E. coli). Les bact ries : cycle de vie Conditions id ales : elles se reproduisent et doublent leur nombre toutes les 20 mn environ. 1 cellule m re 2 cellules filles identiques par scission binaire (asexu e). Conditions d favorables : certaines forment une spore r sistante +++. qui peut se transformer en une nouvelle bact rie. Lieux de vie des bact ries Tous les cosyst mes (sol, eaux douces, mers, air). Bact ries saprophytes de l' environnement Assurent la transformation de l'azote en ammoniaque, la min ralisation des mati res organiques Parfois pathog nes pour l'homme (Listeria, legionella , Clostridium).

2 Associ es aux plantes, aux animaux et l'homme avec lesquels elles entretiennent des relations Symbiose Commensalisme Parasitisme (bact rie pathog ne). Relations h te bact ries Bact ries commensales l'h te fournit une partie de sa propre nourriture au commensal : il n'obtient en revanche aucune contrepartie vidente de ce dernier La symbiose est une association durable entre deux tres vivants et dont chacun tire b n fice Flores commensales Les bact ries r sidentes sont 10 fois plus nombreuses que les cellules somatiques et germinales du corps humain et repr sentent, combin es, un m tag nome dont le nombre de g nes est 100 fois sup rieur celui du g nome humain (Shanahan, 2002). un tre humain = 1013 cellules + 1014 micro-organismes associ s (surface peau et muqueuses). Flores commensales Peau et follicules pileux Staphylococcus epidermidis Staphylococcus aureus (40-60% porteurs). Propionibact ries (P. acnes).

3 Coryn bact ries Cocci Gram + ana robies Zones lipidiques: 106-107 UFC/cm2. Zones humides : 105-108 UFC/cm2. Zones s ches : 103-104 UFC/cm2. Cavit buccale 500 esp ces, 1010 CFU/ml de salive Streptocoques +++. Staphylococcus epidermidis Neisseria non pathog nes Coryn bact ries Ana robies +++. Flores commensales Voies a riennes sup rieures 108-109 UFC/cm2. Streptocoques -h molytiques Neisseria non pathog nes Coryn bact ries Staphylococcus epidermidis Portage: Streptococcus pneumoniae, Haemophilus influenzae, Streptocoques -h molytiques, Neisseria meningitidis Cavit vaginale Lactobacilles 105-107 UFC/ml ou g pr lev . Flores commensales Estomac: 10-103 UFC/ml Lactobacillus, Streptococcus, Staphylococcus, Ent robact ries, Helicobacter, levures Duod num et j junum: 102-105 UFC/ml Lactobacillus, Streptococcus, Bifidobacterium, Ent robact ries, Staphylococcus, levures Il on et caecum: 103-109 UFC/ml Bifidobacterium, Bacteroides, Lactobacillus, Streptococcus, Ent robact ries, Staphylococcus, Clostridium Colon (500-1000 esp ces, 10000-30000 ?)

4 : 1010-1012 UFC/g Bacteroides, Eubacterium, Clostridium, Peptostreptococcus, Bifidobacterium, Fusobacterium, Lactobacillus, Ent robact ries, Staphylococcus, levures, Ana robies m thanog nes et ana robies strictes: Bacteroides, Bifidobacterium, Lactobacillus, Clostridium Fonctions majeures de la flore commensale colique M tabolisme et nutrition Hydrolyse et fermentation des polyosides (pour lesquels les enzymes ne sont pas disponibles). Biosynth se de vitamines (vitamine K, H, acide folique). Production d'acides gras cha nes l g res (ex.: le butyrate d'origine microbienne repr sente 50 % des sources d'hydrates de carbone des cellules pith liales coliques). Effet de barri re contre les microorganismes pathog nes Comp tition (r cepteurs et nutriments). Production de mol cules bact ricides (acide lactique, bact riocines). Hom ostasie de la barri re pith liale intestinale Relations h te bact ries bact ries pathog nes pouvoir pathog ne = capacit provoquer des troubles chez un h te pouvoir invasif (capacit se r pandre dans les tissus et y tablir un/des foyers infectieux) : adh rence, enzymes pouvoir toxinog ne (capacit produire des toxines).

5 H te = plante, animal, homme BIOFILM. BIOFILM. Relations h te bact ries bact ries pathog nes pour l'homme strictes (ou sp cifiques) : quel que soit le patient, sauf dans le cas des porteurs sains. Par exemple : Salmonella typhi , Vibrio cholerae, Mycobacterium tuberculosis (BK), Neisseria meningitidis, gonocoque .. Opportunistes : lorsque les d fenses de l'h te sont affaiblies rupture barri res cutan o-muqueuses, destruction des flores commensales, baisse de l'immunit , . Par exemple : Pseudomonas aeruginosa, ent rocoques, Acinetobacter, .. Origine endog ne : ses propres flores commensales Origine exog ne : environnement , animal, homme malade ou convalescent (contagiosit ), homme porteur sain Les voies de transmission DIRECTE. (obligatoire pour les bact ries fragiles). de la source l'h te r ceptif Contact cutan o-muqueux ex : IST, plaie infect e Gouttelettes ex : m ningocoque, pneumocoque Maternofoetale (ex : streptocoque B).

6 Morsures (ex : Pasteurella). INDIRECTE. Interm diaire entre source et h te r ceptif Surfaces contamin es, mat riel, objets contamin s alimentation (botulisme, listeriose). eau (fi vre typho de). air (BK). Mains +++ (transmission crois e). Vecteur : puces, tiques, . Interactions complexes Nombreux cosyst mes environnement tellurique, a rien, hydrique, .. Bact ries saprophytes Animal Homme Bact ries Bact ries commensales commensales Bact ries parasites et parasites environnement hospitalier Air, eau, surfaces (sol, murs, mobiliers, quipements), linge, aliments, dispositifs m dicaux, d chets Contamination variable (services, patients, ..). Survie variable des bact ries commensales et pathog nes (temp rature, humidit , d chets organiques, ..). streptocoques , staphylocoques +, ent rocoques +, ent robact ries +, Acinetobacter ++, spores +++. Pression de s lection antibiotique bact ries multir sistantes (BMR).

7 Ent rocoques R vancomycine, SARM, BLSE, Acinetobacter, pyocyanique environnement hospitalier Source d'infections? Epid mies, end mies ? Preuves? (biologie mol culaire). Emetteur EAU : oui legionella , P. aeruginosa, mycobact ries H te- environnement atypiques, Aeromonas, , champignons Voies de transmission AIR : oui Mains mat riel eau particules en suspension et ISO en air - aliments - surfaces orthop die Aspergillus et travaux Recepteur SURFACES : ? H te- environnement environnement proche et BMR. Quelques exemples de bact ries Bact ries pathog nes pour l'homme --- A ---- - Afipia felis >>> maladie des griffes du chat --- B ---- - Bacillus anthracis >>> charbon (anthrax). - Bacillus cereus >>> intoxication alimentaire Bacillus cereus - Bartonella henselae, clarridgeiae >>> maladie des griffes du chat - Bordetella pertussis (bacille de Bordet et Gengou) >>> coqueluche - Bordetella parapertussis et bronchiseptica >>> syndr mes parapertussiques b nins - Borrelia burgdorferi >>> maladie de Lyme - Borrelia recurrentis >>> borrelioses (fi vres r currentes transmises par les poux).

8 - Borrelia hispanica, persica, duttonii, crocidurae >>> borrelioses (fi vres r currentes transmises par les tiques). - Brucella melitensis, abortus, suis >>> brucellose Burkholderia mallei >>> morve - Burkholderia pseudomallei (bacille de Whitmore) >>> m lio dose --- C ---- - Campylobacter fetus ssp. fetus >>> campylobact riose - Campylobacter jejuni >>> ent rites - Chlamydia trachomatis >>> trachome - maladie de Nicolas et Favre ---C---- - chlamydophila pneumoniae >>> infections respiratoires - chlamydophila psittaci >>> ornithose-psittacose - Clostridium botulinum >>> botulisme - Clostridium difficile >>> colites pseudo-membraneuses - Clostridium perfringens >>> gangr nes gazeuses - Clostridium tetani >>> t tanos - Corynebacterium diphteriae >>> dipht rie - Coxiella burnetii >>> fi vre Q. --- E ---- - Ehrlichia chaffeensis >>> ehrlichiose monocytaire humaine - Ehrlichia equi, phagocytophila >>> ehrlichiose granulocytaire humaine - Erysipelothrix rhusiopathiae >>> rysip lo de - Escherichia coli >>> ent rites --- F ---- Francisella tularensis >>> tular mie --- H ---- - Haemophilus ducreyi >>> chancre mou - Haemophilus influenzae >>> m ningite bact rienne - Helicobacter pylori >>> ulc re gastro-duod nal ---K---- - Kingella kingae >>> infections ost o-articulaires - Klebsiella granulomatis >>> donovanose - Klebsiella ozenae >>> ozene - Klebsiella pneumoniae >>> pneumonies --- L ---- - legionella pneumophila >>> l gionellose - Leptospira interrogans >>> leptospirose ict ro-h morragique - Listeria monocytogenes >>> listeriose --- M ---- - Mycobacterium leprae (bacille de Hansen) >>> l pre - Mycobacterium tuberculosis (bacille de Koch) >>> tuberculose - Mycobact ries atypiques (avium, bovis, )

9 >>> infections opportunistes - Mycoplasma pneumoniae >>> pneumonie atypique primitive - Mycoplasma hominis >>> infections uro-g nitales --- N ---- - Neisseria gonorrhoeae (gonocoque) >>> blennoragie - Neisseria meningitidis (m ningocoque) >>> m ningite c r bro-spinale -- - - P - - - - - Pasteurella multocida >>> pasteurellose - Pseudomonas aeruginosa (bacille pyocyanique) >>> Infections opportunistes et nosocomiales --- R ---- -Rickettsia (nombreuses esp ces) >>> typhus et fi vres exanth matiques ---S ---- -Salmonella enterica >>> salmonelloses - Shigella dysenteriae, S. flexneri, S. boydii et S. sonnei >>> dysent rie bacillaire - Spirillum minus >>> sodoku - Staphylocoques et streptocoques >>> impetigo - Streptocoques du groupe A >>> scarlatine, erysip le - Streptococcus pneumoniae >>> infections de la sph re ORL, --- T ---- - Treponema pallidum >>> syphilis - Tropheryma whipplei >>> maladie de Whipple (lipodystrophie intestinale).

10 --- U ---- - Ureaplasma urealyticum >>> infections uro-g nitales --- V ---- - Vibrio cholerae (vari t s cholerae et eltor) >>> chol ra --- Y ---- - Yersinia pestis >>> peste - Yersinia enterocolitica >>> ent ro-colite - Yersinia pseudotuberculosis >>> pseudotuberculose Escherichia coli Commensale du TD. 80 % flore a robie Infection le + souvent d'origine endog ne (urinaire ++, abdominale, septic mie, ..). Emergence de r sistance antibiotique : BLSE. Existence de souches pathog nes Ex 1: souches ent ro-h morragiques O157-H7 (diarrh es sanglantes, SHU). Origine alimentaire : maladie du hamburger . Ex 2: K1 et m ningite n onatale Staphylococcus aureus Cocci Gram+ en diplocoques et amas Pigment jaune orang . Homme : 30 50 % de porteurs (nez+++). R siste dans le milieu ext rieur quip pour le pouvoir pathog ne (enzymes toxines). Infections communautaires et nosocomiales Multir sistance (R m ticilline = SARM).