MICROBIOLOGIA CLÍNICA PARA O CONTROLE DE INFECÇÃO …

1 MICROBIOLOGIA CL NICA PARA O. CONTROLE DE INFEC O RELACIONADA . ASSIST NCIA SA DE. M dulo 10 Detec o dos Principais Mecanismos de Resist ncia Bacteriana aos Antimicrobianos pelo Laborat rio de MICROBIOLOGIA Cl nica Ag ncia Nacional de Vigil ncia Sanit ria | Anvisa AG NCIA NACIONAL DE VIGIL NCIA SANIT RIA ANVISA. MICROBIOLOGIA CL NICA PARA. O CONTROLE DE INFEC O. RELACIONADA ASSIST NCIA SA DE. M dulo 10 Detec o dos Principais Mecanismos de Resist ncia Bacteriana aos Antimicrobianos pelo Laborat rio de MICROBIOLOGIA Cl nica Copyright 2020 Ag ncia Nacional de Vigil ncia Sanit ria. Todos os direitos reservados. permitida a reprodu o parcial ou total dessa obra, desde que citada a fonte e que n o seja para venda ou qualquer fim comercial. A responsabilidade pelos direitos autorais de textos e imagens dessa obra da rea t cnica. A Anvisa, igualmente, n o se responsabiliza pelas ideias contidas nessa publica o.

2 1 edi o 2020. Elabora o, distribui o e informa es: AG NCIA NACIONAL DE VIGIL NCIA SANIT RIA. SIA Trecho 5, rea Especial 57. CEP: 71205-050 Bras lia DF. Tel.: (61) 3462-6000. Home page: Diretoria de MICROBIOLOGIA , Instituto de Ci ncias Biom dicas, Universidade de S o Ant nio Barra Torres Diretor-Presidente Paulo; Orlando Carlos da Concei o Neto Se o de MICROBIOLOGIA do Alessandra Bastos Soares Hospital Central da Aeron utica do Rio de Janeiro; Raquel Regina Bo- Cristiane Rose Jourdan Gomes nelli Instituto de MICROBIOLOGIA Paulo de G es, Universidade Federal Meiruze Sousa Freitas do Rio de Janeiro Alex Machado Campos evisores externos: R. Afonso Lu s Barth Hospital de Cl nicas de Porto Alegre e Universidade Juvenal de Souza Brasil Neto Daniela Marreco Cerqueira Federal do Rio Grande do Sul; Ana Cristina Gales Universidade Federal Daniela Marreco Cerqueira de S o Paulo/Escola Paulista de Medicina; Elizabeth de Andrade Marques Patricia Oliveira Pereira Tagliari - Faculdade de Ci ncias M dicas - Departamento de MICROBIOLOGIA , Imu- nologia e Parasitologia - Universidade de Estado do Rio de Janeiro (UERJ).

3 Ger ncia Geral de Tecnologia em Servi os de Sa de GGTES. Jorge Lu s Mello Sampaio Departamento de MICROBIOLOGIA , Instituto de Guilherme Ant nio Marques Buss Ci ncias Biom dicas, Universidade de S o Paulo; Juliana Caier o Uni- versidade Federal do Rio Grande do Sul; Marcelo Pillonetto - Laborat rio Gerente de Vigil ncia e Monitoramento em Servi os de Sa de . Central do Estado do Paran (LACEN/PR) e Pontif cia Universidade Cat lica GVIMS/GGTES. do Paran (PUCPR). Magda Machado de Miranda Costa Revis o t cnica Anvisa: Coordena o T cnica: Ana Clara Ribeiro Bello dos Santos; Andr Anderson Carvalho; Andressa Afonso Luis Barth Hospital de Cl nicas de Porto Alegre e Honorato Miranda de Amorim; Cleide Felicia de Mesquita Ribeiro;. Universidade Federal do Rio Grande do Sul Heiko Thereza Santana; Humberto Luiz Couto Amaral de Moura; Lilian Juliana Caier o Universidade Federal do Rio Grande do Sul de Souza Barros; Luciana Silva da Cruz de Oliveira; Magda Machado de Luciana Silva da Cruz de Oliveira Anvisa Miranda Costa; Mara R bia Santos Gon alves; Maria Dolores Santos da Purifica o Nogueira; Suzie Marie Gomes Reda o: Adriana Cardenas Departamento de MICROBIOLOGIA , Instituto de Ci n- V deos: cias Biom dicas, Universidade de S o Paulo; Afonso Lu s Barth Hos- Ana Paula D'Alincourt Carvalho Assef Laborat rio de Pesquisa em pital de Cl nicas de Porto Alegre e Universidade Federal do Rio Grande Infec o Hospitalar (LAPIH)/Instituto Oswaldo Cruz Fiocruz; Andreza do Sul; Ana Paula D' Alincourt Carvalho Assef Laborat rio de Pesquisa Francisco Martins Universidade Federal do Rio Grande do Sul.

4 Cl udio em Infec o Hospitalar LAPIH), Instituto Oswaldo Cruz Fiocruz; Darlan Marcos Rocha de Souza Instituto Oswaldo Cruz; Marcelo Pillonetto Augusto da Costa Rocha Grupo Fleury Setor de Pesquisa e Desenvol- Laborat rio Central do Estado do Paran (LACEN/PR) e Pontif cia vimento; Doroti de Oliveira Garcia Centro de Laborat rio Regional de Universidade Cat lica do Paran (PUCPR); Ot vio von Ameln Lovison . Mar lia Instituto Adolfo Lutz; Fernanda Esposito Faculdade de Ci n- Universidade Federal do Rio Grande do Sul cias Farmac uticas, Departamento de An lises Cl nicas e Toxicol gicas, Projeto Gr fico e Diagrama o: Universidade de S o Paulo; Ivson Cassiano de Oliveira Santos - Instituto All Type Assessoria Editorial Eireli Oswaldo Cruz; Jorge Luiz Mello Sampaio Departamento de Microbio- logia, Instituto de Ci ncias Biom dicas, Universidade de S o Paulo ;Ju- Capa: liana Caier o Universidade Federal do Rio Grande do Sul; Melise Cha- Camila Contarato Burns Anvisa ves Silveira - Instituto Oswaldo Cruz; Nilton Lincopan Departamento Ficha Catalogr fica Brasil.

5 Ag ncia Nacional de Vigil ncia Sanit ria MICROBIOLOGIA Cl nica para o CONTROLE de Infec o Relacionada Assist ncia Sa de. M dulo 10 Detec- o dos Principais Mecanismos de Resist ncia Bacteriana aos Antimicrobianos pelo Laborat rio de Microbio- logia Cl nica/Ag ncia Nacional de Vigil ncia Sanit ria. Bras lia: Anvisa, 2020. 160p.: volumes ISBN: 978-65-89701-01-9. 1. Infec o Relacionada Assist ncia Sa de CONTROLE . 2. Infec o em Servi os de Sa de. 3. Microbiolo- gia Cl nica. 4. Vigil ncia Sanit ria em Servi os de Sa de. 5. Resist ncia microbiana. I. T tulo. SUM RIO. Apresenta o .. 7. Cap tulo 1: Introdu o.. 9. Refer ncias bibliogr ficas.. 15. Cap tulo 2: Bases moleculares da resist ncia bacteriana.. 17. Mecanismos de resist ncia aos antimicrobianos.. 17. Altera o da permeabilidade celular ao antimicrobiano.. 18. Remo o do antimicrobiano por bombas de efluxo.. 19.

6 Altera o do s tio de a o do antimicrobiano.. 20. Modifica o ou inativa o enzim tica do agente antimicrobiano.. 20. Principais mecanismos de transfer ncia horizontal de genes e elementos gen ticos m veis.. 25. Conjuga o.. 25. Transforma o.. 26. Transdu o.. 26. Outras formas de transfer ncia de genes e elementos gen ticos m veis.. 26. Transposi o .. 26. Integrons.. 27. Refer ncias bibliogr ficas.. 28. Cap tulo 3: Microrganismos multirresistentes de import ncia cl nica e suas resist ncias intr nsecas e adquiridas.. 31. Introdu o.. 31. Resist ncia intr nseca.. 33. Resist ncia adquirida.. 35. Staphylococcus .. 35. Enterococcus spp.. 38. Streptococcus .. 41. Enterobacterales .. 42. Bacilos Gram-negativos n o fermentadores da glicose.. 53. Neisseria spp.. 64. Micobact rias.. 69. Refer ncias bibliogr ficas .. 77. Cap tulo 4: Teste de sensibilidade aos antimicrobianos (TSA).

7 87. M todo qualitativo: disco-difus o .. 88. Etapas do Ensaio.. 89. Instru es espec ficas para a leitura do teste de disco-difus o.. 92. Ag ncia Nacional de Vigil ncia Sanit ria Anvisa M todos quantitativos .. 93. Microdilui o em caldo .. 93. Fitas de gradiente de concentra o de antimicrobianos.. 97. gar dilui o .. 99. Crit rios de interpreta o de resultados do TSA.. 102. rea de Incerteza T cnica (AIT).. 103. Precau es e cuidados especiais na realiza o do TSA.. 104. Pontos cr ticos .. 104. Refer ncias Bibliogr ficas .. 108. AP NDICE CAP TULO 4 .. 109. Cap tulo 5: Outros testes para detec o fenot pica de resist ncia bacteriana aos antimicrobianos .. 113. Testes para a detec o de ESBL.. 113. M todos alternativos .. 116. Testes para a detec o de AmpC.. 117. Testes para detec o de carbapenemases.. 119. Triagem da produ o e caracteriza o de carbapenemases em Enterobacterales pelo m todo de disco-difus o.

8 120. Identifica o fenot pica de carbapenemases por disco-difus o com inibidores adicionados aos discos de sensibilidade.. 121. M todos acidim tricos para detec o de carbapenemases.. 126. Detec o da hidr lise de carbapen micos por espectrometria de massas .128. Testes imunocromatogr ficos para detec o de carbapenemases .. 128. Detec o de carbapenemases em sistemas de automa o.. 129. Testes alternativos para a detec o de resist ncia s polimixinas.. 129. Refer ncias bibliogr ficas.. 131. Cap tulo 6: Testes genot picos para a detec o de mecanismos de resist ncia e avalia o da similaridade gen tica .. 141. Detec o de marcadores gen ticos de resist ncia.. 141. Rea o em Cadeia da Polimerase (PCR).. 141. Sequenciamento de DNA: M todo de Sanger.. 148. M todos para avalia o da epidemiologia molecular de bact rias multirresistentes.. 150. Metodologias baseadas em padr es de bandas: macrorrestri o de DNA.

9 Seguida de PFGE.. 150. T cnicas baseadas em sequenciamento de genes: MLST..152. T cnicas baseadas em Sequenciamento de Nova Gera o .. 153. Refer ncias bibliogr ficas.. 156. Cap tulo 7: V deos Ilustrativos.. 157. 6. M dulo 10 Detec o dos Principais Mecanismos de Resist ncia Bacteriana aos Antimicrobianos APRESENTA O. A resist ncia microbiana (RM) aos antimicrobianos um grave problema mundial, estando as- sociada ao aumento do tempo de interna o, dos custos do tratamento e das taxas de morbi- dade e mortalidade dos pacientes. A RM ocorre quando microrganismos (como bact rias, fun- gos, v rus e parasitas) mudam quando s o expostos aos antimicrobianos (como antibi ticos, antif ngicos, antivirais, antimal ricos e anti-helm nticos). Como resultado, os medicamentos tornam-se ineficazes e as infec es persistem no corpo, aumentando o risco de propaga o a outras pessoas e de causar s rias complica es e bitos nos pacientes.

10 A RM ocorre natural- mente ao longo do tempo, geralmente por meio de altera es gen ticas, no entanto, o uso indevido e excessivo de antimicrobianos est acelerando esse processo. A RM um problema complexo que afeta toda a sociedade e impulsionada por muitos fato- res que est o interligados. Interven es isoladas possuem impacto limitado. necess ria uma a o coordenada para minimizar o surgimento e a dissemina o da RM. O uso indiscriminado e incorreto dos antimicrobianos na comunidade, na agricultura, na cria o de animais e nos servi os de sa de s o reconhecidamente importantes fatores de risco para o surgimento e a dissemina o da RM. Nesse contexto, insere-se o Laborat rio de MICROBIOLOGIA , que tem como objetivo n o apenas apontar o respons vel por um determinado estado infeccioso, mas tamb m indicar, por meio do monitoramento de popula es microbianas, qual o perfil dos microrganismos que est o interagindo com o organismo humano, possibilitando a indica o de tratamentos mais efeti- vos.